Es va inaugurar el 8 de juliol de 1875. Formava part de la primera línia de tren de l’Estat que unia Barcelona amb les mines de carbó o hulla d’Ogassa o Sant Joan de les Abadesses. Aquesta línia es va començar a construir l’any 1845. El 1897 es va allargar la carretera de Seva fins a Viladrau, esdevenint l’estació la porta del Montseny tant pel que fa al tràfic de viatgers, productes agrícoles, del bosc o minerals que s’extreien del Montseny. En un primer moment, l’estació, tenia el nom Balenyà-Tona-Seva-Taradell, els pobles als quals donava servei. Al ser un nom massa llarg, la gent de la comarca passa a denominar-la simplement com l’Estació de Balenyà. El 1957 va suprimir-se el nom de Taradell quedant amb el nom que conserva avui dia, estació de Balenyà-Tona-Seva. Com a anècdota remarcar que l’estació va ser construïda al terme de l’antiga Quadra de l’Aguilar, no del Balenyà històric.